쏟아지는 네티즌들의 반발을 시작으로 MBC 사옥 앞 항의 촛불시위와 1인 시위가 벌어진데 이어 PD수첩 방송 시간 전후의 광고가 중단되는 등 방송사상 유례 없는 사태까지 벌어졌다.
한편에선 PD수첩이 향후 국제적으로 제기될 가능성이 있는 윤리 문제를 미리 공론화함으로써 오히려 앞으로의 연구에 더 도움이 될 수 있을 것이라는 의견도 있다.
엠파스 ‘랭킹>설문투표’에서 실시한 ‘PD수첩 황우석 교수 연구의 윤리성 문제 제기 방송 하지 말아야 했나’라는 조사 결과, 전체 응답자 2,073명 가운데 78%(1,611명)가 ‘방송 하지 말았어야 했다’라고 응답했다.
PD수첩의 방송에 부정적인 입장을 나타낸 네티즌들은 “우리나라가 배출한 인물 중 어느 누가 황 교수처럼 전세계 인류에게 희망과 빛을 준 인물이 있었던가”, “PD수첩 때문에 우리나라가 손해 본 것이 얼마인지 따져보면 어마어마한 액수가 나오지 않을까” 등 국익을 고려한 의견을 보였다.
또 “윤리 문제 제기 자체에 대해서는 수긍하지만 황 교수의 부정적인 면만 너무 강조하는 것 아니냐”, “섀튼 교수와의 결별이 있은 지 얼마 되지 않은 시기에 이런 일이 터져서 안타깝다” 등 프로그램의 문제 접근방식과 방영 시기에 대한 문제점을 지적하기도 했다.
긍정적인 답을 한 22%(462명)의 네티즌은 PD수첩의 방영으로 인해 “윤리적 문제를 해결하기 위해 공론화한 것은 바람직하다”는 등의 의견을 냈다.
한 네티즌은 “황우석 교수의 연구가 국익과 나라의 명예를 높인 것은 사실이지만 과정에 대한 검증은 확실하게 해야 한다”고 했고, 또 다른 네티즌은 “연구에 필수 불가결한 난자의 출처가 비윤리적이었다는 것은 연구 자체에 치명적으로 작용할 수도 있다”고 지적했다.
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